Оставленные без ремонта и ухода в советские годы храмы страдали от непогоды и со временем стали разрушаться.
Но Бог не мог оставить это волшебное место на погибель, и в 90-е годы началось восстановление монастыря. Немало трудов было положено, чтобы привести монастырь в былое благолепие и наладить духовную жизнь. Трудились все. Во многом помогала (и помогает по сей день) монастырю Людмила Владимировна Крутикова-Абрамова, жена писателя Федора Абрамова, который еще в 70-е годы с болью смотрел на разрушающуюся обитель и говорил, что этот великий памятник нужно обязательно возродить. В 1990 году по благословлению епископа Архангельского и Мурманского Пантелеимона в обитель прибыл священник Иоанн Василикив. Спустя 2 года он принял постриг с именем Иоасаф. В течение последних 15 лет в жизни монастыря тоже были разные периоды: братия прибывала и убывала. Как вспоминает Иеромонах Рафаил: "Когда я прибыл в обитель в 1993 году, там жили отец Иоасаф и человек 10 трудников. Ожидал я увидеть совсем другое. В книгах о дореволюционном монастыре рассказывалось о большом количестве братии, о величественных храмах… а тут никаких монахов не видно, постройки в полуразвалившемся состоянии. Но монастырь мне понравился, место хорошее. Промысел Божий меня сюда привел". Иеромонах Венедикт, впервые посетивший обитель в 1996 году отмечает ее запустение: "…Увидел разруху, но место понравилось, природа живописная. Зашел в Артемиевский храм. Баскетбольная разметка привела меня в шок. Я в Архангельске ходил в Ильинский собор и Лавру, там свечки, иконы, красиво. А тут фанерный иконостас, все просто, скудно… В моем положении нет никакой логики, почему я здесь остался, разруха, полное безначалие, неустройство, беспорядок. Очень много народу прошло через монастырь. И монахи приезжали из разных уголков России, пробовали себя, но не выдерживали, уезжали. Для многих людей здесь слишком сурово: с одной стороны - лес, с другой - река". В лучшие времена за последние годы братия насчитывала до 30 человек вместе с трудниками.
В 2006 году была воссоздана вновь часовня во имя праведного отрока Артемия, находившаяся всегда на территории обители, рядом с храмом Илии Пророка, но разобранная на бревна в советские годы.
На сегодняшний день впереди еще множество работ, которые необходимо провести для восстановления монастыря, но и сделано уже немало. Из последних приятных новостей: практически полностью перестроена часовня на Ежемени (на месте, где отрока поразила молния). Часовня находится примерно километрах в 2 от монастыря. Служат там, правда, только по праздникам, так как она достаточно отдалена и от жилых домов и от основных монастырских построек.
Идет восстановление Казанского храма, который находится в братском корпусе. Всем очень тяжело, братия завалена послушаниями. К сожалению, сейчас братские ряды опять стали редеть. Осталось всего человек 10 монахов с послушниками и немного трудников. Причем рукоположенных батюшек всего трое. Опять та же проблема, как в 1990, некому служить. А мы думали те времена уже прошли. Наместнику Отцу Иосифу трудно справиться со всем: и с руководством ремонта Казанского, и с организацией жизни монастыря
Дай Бог все наладится.
Успенский Собор в данный момент закрыт, внутренне и внешне разрушается. Горько смотреть на этот великий памятник во славу Божию, с высоким, обваливающимся сводом и пустым алтарем. В советские годы, когда в братском корпусе находился интернат для детей с отклонением в развитии, один из "учителей" заставлял учеников соскребать краску с иконостаса, думая, что он покрыт золотом. Грустно слушать такие истории варварского разграбления святынь и длительного заблуждения великого русского народа, народа, на котором должен был держаться весь Православный Мир.
За последние годы Собор несколько раз пытались восстановить, но чтобы сделать это полностью, обстоятельно, нужны огромные деньги. Таких не даст государство (хорошо, когда от власти обитель получает хоть какие-то крохи, а последнее время и эти времена прошли), и благодетелей столько не найти. Ведь это не столица, а далекая глушь, которая никому не нужна, и помогают ей либо люди, связанные с местом корнями или влюбившиеся в него раз и навсегда. И тех, и других не много. И братия монастыря, и паломники молятся и верят, что однажды Успенский Собор вновь засияет в былом величии и откроет свои двери для всех молящихся.
